支原体、衣原体如果大量存在于男性生殖道，支原体尤其是脲原体可吸附于精子表面，改变精子的运动能力，使精子正常代谢和生理机能受损，掩盖精子识别卵细胞的部位，影响其穿过卵细胞的能力，或参与抗精子抗体的产生，因而导致不孕。

支原体经尿道感染后患者可出现尿道炎症状，并可继发慢性前列腺炎。在检查前列腺液时，可见活泼、泳动的微生物群体。支原体还继续感染精道、精囊和睾丸，影响精子和精液的质量，引起不育。经观察发现支原体可通过下述环节引起不育症。

1、干扰精子运动：精子运动是健康精子的一项重要功能，是衡量精子能否受孕的重要指标，而且精子的运动必须有一定速度和频率。支原体感染精子后，常常附着在精子的头部和尾部，使整个精子挂满了大小不等的附着物，致使精子泳动无力，互相缠绕，导致不育。

2、精子畸形率增加：支原体感染导致精子畸形率增加是造成不育的另一特征。据临床观察，在这类不育患者中，精子畸形率有时可高达 80% 。

3、破坏生精细胞：睾丸的曲细精管中有大量生精细胞，这些生精细胞经过发育繁殖形成精子。当支原体从尿道、前列腺等部位进入睾丸曲细精管后，会破坏生精细胞，使“生精工厂”产生伪劣产品，导致不育。因此，不育症患者应该注意检查支原体的感染情况，以便明确病因，对症治疗。